引起牙齿变色的原因主要有以下几种：
一、龋齿：俗称虫牙或蛀牙，是由于在细菌的参与下，糖类食物酵解产酸而腐蚀牙体，长此以往造成牙齿变软，牙组织崩解，形成黑色龋洞。
二、死髓牙：多因深龋细菌感染或直接暴力打击，牙齿意外折断，引起牙髓损伤坏死而变色.
三、牙釉质发育不全：牙齿在发育过程中，表层的釉质因缺乏钙、D、磷和维A等物质；或受有害因子的作用而造成的牙齿发育障碍。轻者牙齿表面的釉质呈不透明的白垩色，疏松粗糙，可因食物染色而呈黄褐色。重症者牙面釉质可出现本质性缺损，呈窝状或带状缺如，甚至无釉质覆盖。
四、氟斑牙：主要是因为饮用水中氟含量过高导致。轻度者牙齿表面的牙釉质混浊不透明，呈白垩色；中度者牙面呈黄色或棕黄色不规则形斑块；重症者除有色泽改变外，还伴有牙面釉质缺损。
五、四环素牙：在牙齿发育期间，尤其是8岁以下儿童或孕妇，假若服用四环素类药物（如四环素、土霉素、强力霉素等），则易造成牙齿变色，称为四环素染色牙。这是因为四环素类药物可与牙齿组织中的钙离子结合形成稳固的四环素钙盐，随年龄增长，变色会渐渐加重，约在18岁以后趋向稳定。
六、色素沉积：香烟、咖啡、酱油和一些有色食物包括茶等，时间久了，由于没有良好的清洁牙齿的习惯，这些色素会渐渐沉积甚至进入牙齿深层，使得牙齿的表面开始发黄、变黑。这就如同白色的衣服长期被染色，似何清洗也无法使其恢复洁白一般，一般的洗牙方法难以使染色后的牙齿再恢复原有的白色。
